اظهارات خانواده های برخی از این زندانیان اعدام شده، جسد بسیاری از آنها به صورت بی نشان در گورهای دسته جمعی وفردی در منطقه خاوران تهران به خاک سپرده شده است. این خانواده ها اغلب برای یادبود بستگان اعدام شده خود در خاوران گرد هم می آیند.خانواده برخی از زندانیان اعدام شده به سازمان دیده بان حقوق بشر گفتند که در سپتامبر 2005 دولت جدید شروع به تغییر شکل این منطقه در خاوران کرده وسنگ قبرهایی را که توسط خانواده ها درآنجا گذاشته شده بود را ویران کرده است. انها گفتند که دولت در حال تغییر شکل و نابود کردن محل یاد شده برای از بین بردن هر نوع مدرکی از محل خاک سپاری افراد یاد شده است.
پور محمدی و قتل های زنجیره ای سال 1998
مصطفی پورمحمدی در سال 1998 زمانی که مامورین وزارت اطلاعات پنج روشنفکر وفعال سیاسی برجسته ایرانی را به قتل رساندند، معاون وزیر اطلاعات بوده است:
· داریوش وپروانه فروهر در 22 نوامبر درمنزل خود در تهران به قتل رسیدند
· مجید شریف در 20 نوامبرناپدید شد وجسدش 25 نوامبر درخیابانی در تهران یافته شد
· محمد مختاری در تاریخ3 دسامبر ناپدیدو جسدش در 9 دسامبر پیدا شد
· جعفر پوینده در تاریخ 9 دسامبر ناپدید و جسدش در 13 دسامبر در حومه شهر تهران یافته شد.
داریوش وپروانه فروهر ازفعالان پرسابقه سیاسی و رهبران حرب ملت ایران از سال 1951 به این سو بوده اند. شریف، مختاری وپوینده به عنوان نویسندگان وروزنامه نگاردگراندیش شناخته شده بودند.این قتل عام در ایران به "قتل های زنجیره ای" شهرت دارد. به دلیل فشار رییس جمهوری وقت محمد خاتمی، در 5 ژانویه 1999 وزارت اطلاعات قبول کرد که مامورین این وزارت در طراحی این قتل ها دست داشته اند. در نتیجه این تصدیق، مقامات ایرانی، 18 نفررا دستگیر وانها را به دست داشتن در این قتل ها متهم کردند. در 20 ژوئن 1999 دادستان مجتمع قضایی نیروهای مسلح اعلام کرد که مغز متفکر پشت این قتل ها یکی از مسئولین عالی رتبه وزارت اطلاعات به نام سعید امامی است و امامی نیز درحبس خودکشی کرده است.
سازمان دیده بان حقوق بشر، با چندین روزنامه نگار وفعالان حقوق بشر در ایران مصاحبه کرده است . آنها در این خصوص اظهار داشته اند، مسئولیت قتل های زنجیره ای مقامات عالی رتبه دیگر این وزارت خانه را نیز در برمی گیرد. اکبر گنجی خبرنگاربرجسته به صورت گسترده ای در این خصوص نوشته است. در خصوص این اظهارات، ناصر قوامی، رییس سابق کمیته قضایی مجلس ششم، گفت: " متأسفانه اين پرونده از ابتدا مسير طبيعي را نپيمود و ريشهيابي نشد و كساني كه فرمان قتلها را صادر كرده بودند، هيچ گاه معلوم نشدند و به جرم آنها رسيدگي نشد و تا وقتي به اين پروندهها رسيدگي نشود، اتفاقات ناگوار اين چنيني احتمال دارد كه باز هم تكرار شود."
در نوامبر سال 2000، داوودسلیمانی عضو دیگر مجلس ایران، به اینکه آمران قتل های زنجیره ای دور از دسترس تحقیقات قضایی بودند اعتراض کرد. او گفت: " هميشه موضوع آمران و عاملان پرونده در هالهاي از ابهام بودهاند و اين موضوع افكار عمومي را راضي نكرده است لذا با نويد رييس قوهي قضاييه بايد آمران و عاملان محاكمه شوند تا ضريب امنيتي جامعه بالا رود و در نتيجه كسي به خود اجازه ندهد قانونشكني كرده و دست خود را به جنايت آلوده كند."
کمیسیون اصل نود مجلس، طبق ماده ای ازقانون اساسی ایران که به پارلمان قدرت می دهد که از همه بخش های قوای سه گانه تحقیق وتفحص کند، در اگوست سال 2000 تحقیقات خود را در این زمینه اغاز کرد اما قادر نشد تا آن را کامل کند. مطابق گفته حسین انصاری راد، رییس این کمیته گفت: " ما در رسيدگي به اين پرونده به اشخاصي رسيديم كه قدرت برخورد با آنها را نداشتيم، بنابراين پرونده مسكوت ماند." او افزود:" حسب قراين و شواهدي كه تاكنون در روزنامهها منتشر شده و بعضي از علايم و شواهدي كه وجود دارد و نميتوان از آن گذشت، پرونده از يك پيچيدگي خاصي برخوردار است و بيش از متهماني كه رسما اتهام به آنان وارد شده و يا افرادي كه مستقيما مباشر اين حادثه بودهاند، حسب نقدهاي بسيار، احتمال دخالت و دست داشتن افراد ديگر از بيرون و به عناوين مختلف در اين پرونده وجود دارد."یک منبع با آگاهی دست اول از تحقیقات کمیسیون اصل نود به سازمان دیده بان حقوق بشر گفت:" تحقیق کنندگان از درگیر بودن پورمحمدی در پرونده حکایت می کردند. حتی نزدیک بود قرار توقیف وی نیز صادر شود. اما به جای آن ترتیبی داده شد تا او پست خود را در وزارت اطلاعات ترک کند."[23] یکی دیگر از منابع موثق، که خواسته ناشناس بماند، این موضوع را نزد سازمان دیده بان حقوق بشر تصدیق کرده است که تحقیقات بر نقش پورمحمدی در این پرونده دلالت می کند. سازمان دیده بان حقوق بشر در تاریخ 28 اکتبر سال 2005 نامه ای به مصطفی پورمحمدی نوشت واز او درخواست کرد نسبت به این اظهارات پاسخ بدهد. تا 8 دسامبر 2005 دیده بان حقوق بشر هیچ جوابی را دراین خصوص دریافت نکرد.
کشتار مخالفان دولت محدود به موارد یاد شده در داخل ایران نبوده است. از سال 1990 تا 1999، پورمحمدی همچنین رییس بخش امنیت خارجی وزارت اطلاعات بوده است. در این زمان، دهها چهره سیاسی مخالف در خارج از کشور به قتل رسیده اند. در برخی ازاین موارد مانند قتل شاهپور بختیار، نخست وزیر پیشین ایران وکشتار سه رهبر کرد دررستوران میکونوس در آلمان، دست داشتن دولت ایران کاملا محرز ومسلم است و در دیگر موارد اظهارات معتبر و موثقی در خصوص دست داشتن دولت ایران وجود دارد.برخی از اعضای مجلس از کاندیداتوری پورمحمدی(برای تصدی وزارت کشور) به عنوان یک عنصر تندرووخطرناک انتقاد کردند. هنگام اخذ رای اعتماد برای وزاء، عماد افروغ، نماینده محافظه کار، به نامزدی پورمحمدی به خاطر سوابقش در سمت های اطلاعاتی وامنیتی مخالفت کرد. وی گفت: " وزیر کشور باید فهم عمیق از حقوق شهروندی داشته باشد، اگر ایشان برداشت یکسویه از حقوق شهروندی داشته باشند، جامعه را دچار چالش میکند ."
افروغ با ارجاع دادن سخنان خود به نقش سرکوبگرانه پور محمدی در شورش های شهری در سال 1992 پرسید: "ایشان چطور میخواهد با این نیروهای گریز از مرکز مقابله کند؟ من یادم نرفته که در سال 72 جنبشهای شهری را در شیراز، مشهد،